在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束凤如烟虽然也没有见过这么多好东西，但是从小生活在大家族内，什么都不缺，内心平静，不像苏逸为了成道什么都要争，都要抢，碰到这伸手可得的巨大好处，内心出现了破绽。后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经…
